Каракольский зоопарк был основан в 1987 году. После развала Советского союза государству было тяжело содержать зоопарк, в результате в 2003 году полное финансирование взял на себя Немецкий союз охраны природы и биоразнообразия. В настоящее время в зоопарке обитают 138 животных и птиц.