На курултае партии «Жаны Кыргызстан» принято решение об исключении Исмаила Исакова из ее рядов в связи с несоответствием его взглядов позиции партии. Политсовету поручено переизбрать на его место нового генерального секретаря. И.Исаков был избран генеральным секретарем «Жаны Кыргызстана» в октябре 2008 года, сразу за этим он ушел в отставку с поста секретаря Совета безопасности по собственному желанию в знак несогласия с политикой президента страны. И.Исаков так прокомментировал решение курултая: это было ожидаемое решение, свое отношение к нему я выражу после майских праздников. И.Исаков одним из первых подал документы в ЦИК и собирается баллотироваться на пост президента. В отношении него возбуждено уголовное дело по трем статьям УК – растрата спецсредств, выдача квартиры по фиктивным документам и халатность. Сам он все эти обвинения назвал политически мотивированными.
